دولت مجاز به استفاده بیست درصد (20%) خالص وجوه حاصل از اجرای این قانون برای اعتبارات هزینه‌ای و تملک دارایی‌های سرمایه‌ای هم شده است.
همچنین دولت مجاز شد، برای اجرای این قانون، سازمان هدفمندسازی یارانهها را تأسیس کند و وجوه حاصل از اجرای این قانون را که به خزانه واریز می‌شود، عیناً پس از وصول و کسر سهم دولت؛ به‌عنوان کمک به اجرای اهداف قانون (ماده 7 پرداخت یارانه نقدی خانوارها...) و (ماده 8 پرداخت یارانه تولید...) در اختیار سازمان هدفمندسازی قرار دهد.
سازمان هدفمندسازی یارانهها هم صاحب اساسنامه‌ای با تصویب هیأت وزیران و قرار شد : برای فراهم شدن منابع درامدی این سازمان یعنی خالص وجوه، چهار شرکت به شرح زیر فعالیت کنند:
یک: شرکت ملی پالایش و پخش
این شرکت از محل فروش انواع بنزین، نفت‌گاز .... در سال 1395، 36 هزار و 800 میلیارد تومان درآمد کسب می‌کند که همه این درآمدها به حساب شماره 1271 نزد خزانه واریز می‌شود. سپس هزینههای قانونی خود را همانطور که در بند «الف» گزارش دیوان محاسبات آمده است به مبلغ 12 هزار و 800 میلیارد ریال کسر می‌کند و بقیه آن را که مبلغ 23 هزار و 900 میلیارد تومان است طبق قانون به حساب سازمان هدفمندسازی یارانه واریز می‌کند.
دو: شرکت ملی گاز
این شرکت نیز در سال 1395 از محل فروش گاز طبیعی جمعاً 15 هزار و 400 میلیارد تومان درآمد کسب می‌کند و به حساب شماره 170 نزد خزانه واریز می‌کند. سپس هزینههای قانونی انجام شده را به روشی که در بند «ب» گزارش دیوان محاسبات مشخص شده است به مبلغ 5 هزار و 200 میلیارد تومان کسر و بقیه را که 10 هزار و 200 میلیارد تومان است به حساب سازمان هدفمندسازی یارانهها واریز می‌کند.
سه: شرکت توانیر
این شرکت برق را هر کیلووات ساعت 67.6 تومان به مشترکین می‌فروشد و کلیه وجوه را به حساب شماره 228 نزد خزانه واریز می‌کند ولی چون قیمت تمام شده برق هر کیلووات ساعت 83.3 تومان است قانوناً موظف به پرداخت هیچ مبلغی به سازمان هدفمندسازی یارانهها نیست ولی براساس توافق و آیین‌نامه اجرایی تبصره 14قانون بودجه 1395، مبلغ 2 هزار و 200 میلیارد تومان به حساب سازمان هدفمندسازی واریز می‌کند.
چهار: شرکت‌های آبفا
این شرکت‌ها نیز، زیر قیمت تمام شده، آب را به مشترکین عرضه می‌کنند و منابع حاصل از فروش آب به ازای هر مترمکعب 470 تومان را وصول و به حساب شماره 1382 نزد خزانه واریز می‌کند ولی چون قیمت تمام شده هر متر مکعب آب، 1100 تومان است لذا وجهی به سازمان هدفمندسازی یارانهها پرداخت نمی‌کنند.
روابط عمومی سازمان برنامه و بوجه کشور افزوده است :
1- همه وجوه حاصل از فروش حامل‌های انرژی (انواع بنزین، نفت سفید ...) که درآمد شرکت ملی پالایش و پخش است، ابتدا به حساب شماره 1271 نزد خزانه واریز می‌شود و بعد از کسورات قانونی سهم سازمان هدفمندی‌سازی یارانهها به حساب آن سازمان در پایان هر ماه واریز می‌شود.
2- همه وجوه حاصل از فروش گاز طبیعی که درآمد شرکت ملی گاز است، ابتدا به حساب شماره 170 نزد خزانه واریز و پس از کسورات قانونی سهم سازمان هدفمندسازی یارانهها به حساب آن سازمان در پایان هر ماه واریز می‌شود.
3- همه وجوه حاصل از فروش برق که درآمد شرکت توانیر است، ابتدا به حساب شماره 228 نزد خزانه واریز می‌شود و به‌رغم اینکه کل وجوه دریافتی کمتر از قیمت تمام شده است، در سال 1395 مبلغ 2200 میلیارد تومان به سازمان هدفمندسازی یارانهها کمک می کند.
4- همه وجوه حاصل از فروش آب که درآمد شرکت‌های آبفا است، ابتدا به حساب شماره 1382 نزد خزانه واریز می شود و چون کمتر از قیمت تمام شده آب است، هیچ مبلغی به سازمان هدفمندسازی یارانهها واریز نمی‌کند.
به این ترتیب درآمدها و منابع سازمان هدفمندسازی یارانهها، مجموع ارقامی است که به عنوان سهم این سازمان از سوی شرکت‌های پالایش و پخش، گاز، توانیر طبق ماده 2 اساسنامه این سازمان به حساب سازمان هدفمندسازی یارانهها واریز می‌شود که در سال 1395 طبق جمع‌بندی دیوان محاسبات حداکثر مبلغ 36 هزار و 400 میلیارد تومان است.