کارن ابری نیا با اشاره به اینکه طرح بومی گزینی دانشگاه‌ها نیز مانند هر طرح دیگری دارای محاسن و معایبی است، گفت: ایده اولیه طرح این بود که افرادی که در یک شهر و محل زندگی می‌کنند در همان جا به تحصیل بپردازند و دیگر فاصله‌ای طولانی را برای رسیدن به دانشگاه طی نکنند. ولی همین حُسن میتوانست از دیگاه دیگر یک عیب به حساب بیاید زیرا جوانان نیاز به رشد و توسعه دارند و یا اینکه یک کشور برای توسعه یافتن به افراد تحصیل کرده و رشد یافته نیاز دارد پس اگر قرار باشد افراد از جغرافیای خود فراتر نروند و تحربه کسب نکنند چگونه می‌توانند به توسعه دست پیدا کنند.
ابری نیا به یکی از علت های مخالفت با طرح بومی گزینی اشاره کرد و گفت: به طور مثال فردی که در یک روستای دور افتاد ساکن است اگر قرار باشد در همان دانشگاهی که آنجا احداث شده بماند تصور میکند دنیا فقط همان روستای خودش است و فضایی برای رشد پیدا نمیکند. اما اگر همان فرد مثلا در تهران تحصیل کند باعث میشود با افراد دیگر و با فرهنگ های مختلف آشنا شود سپس این فرهنگ ها تداخل پیدا می‌کنند و ازین طریق توسعه یافتگی صورت میگیرد.
وی در ادامه گفت: ما برای اجرای طرح بومی گزینی نیاز داریم که از لحاظ کمی تعداد دانشگاه‌ها را توسعه دهیم و دیگر اینکه دانشگاه‌های خوب را هم ناگزیر به انجام طرح بومی گزینی کنیم. در این صورت دانشگاه‌های خوب ما که معمولا در مراکز استانها قرار دارند حق انتخاب خود را از دست می‌دهند به طور مثال دانشجویی از شرق ایران با وجود اینکه باهوش و بااستعداد است نمیتواند در دانشگاهی در غرب ایران تحصیل کند و کم کم ضریب هوشی افراد پایین می‌آید زیرا افرادی که در آن دانشگاه تحصیل کرده اند همه از فیلتر خاصی عبور کرده و دارای هوش و استعداد مناسب و یکسانی نیستند.
مدیر کل سابق دفتر آموزش عالی غیردولتی وزارت علوم با انتقاد از اجرای طرح بومی گزینی افزود: هر زمان که به صورت مصنوعی کاری را مثل تقسیم جمعیت دانشجویی انجام می‌دهیم فقط به مسائل ظاهری توجه میکنیم و از نکات اصلی مثل توجه به توسعه کشور غافل می‌شویم. مثلا فرض کنیم دانشجوهای دختر نباید از خانه خود جدا شوند اگر این را مبنا قرار دهیم و بر اساس آن تصمیمی بگیریم به نیازهای جامعه و اهمیت آن بی‌توجهی کرده‌ایم.
ابری نیا از دیگر معایب بومی گزینی را لطمه وارد شدن به خلاقیت دانشجویان دانست و گفت: وقتی شما در محیطی قرار میگیرید که کسی به غیر از خودتان را نمی‌بینید و همه افراد شبیه خودتان هستند، این مساله باعث میشود با افکار جدید برخورد نداشته باشید و خلاقیت و نوآوری نیز تحت الشعاع آن قرار میگیرد.
عضو هیات علمی دانشکده مکانیک دانشگاه تهران در پایان خاطرنشان کرد: بومی گزینی در نظام آموزش عالی کشور با هدف ایجاد توازن بین عرضه و تقاضا مطرح و از سال ۶۹ تاکنون به شکل های مختلف اجرا شده است. با این نوع گزینش بومی در برخی از رشته‌ها و دانشگاه‌ها امتیازات خاصی برای داوطلبان بومی آن رشته و دانشگاه در نظر گرفته میشود.